Nació en Villa Luro, Buenos Aires, el 7 de octubre de 1930. A los 21 años abandonó sus estudios de abogacía en la Universidad de Buenos Aires e ingresó en el Seminario Metropolitano de Buenos Aires. El 20 de diciembre de 1959 fue ordenado sacerdote en la Catedral porteña.La mayor parte de su labor comunitaria la realizó en la Villa 31 de Retiro, donde creó la Parroquia Cristo Obrero.
Realizó tarea pastoral en la Villa del Puerto y también fue asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la Facultad de Medicina, inculcándoles la cosmovisión de Pierre Teilhard de Chardin, el humanismo de Jacques Maritain, y la doctrina del compromiso con el mundo de Emmanuel Mounier, Yves Congar y Michel Quoist.
“Carlos Mugica proviene de una familia antiperonista. Su padre era un dirigente muy importante de la década infame, del Partido Conservador, un hogar absolutamente aristocrático. Tenía todos los prejuicios de la aristocracia con respecto al movimiento peronista. El día que se produce el golpe de Estado del 55, brinda con champagne en su casa por el derrocamiento de Perón y la asunción de Lonardi-Aramburu Rojas”, recordó Mariotto.
Carlos Francisco Sergio Mugica Echagüe nació el 7 de octubre de 1930, fue el tercero de siete hijos que nacieron del matrimonio de Carmen Echagüe y Adolfo Mugica.
Su madre era hija de terratenientes de muy buena posición económica y descendiente de Pascual Echagüe quién fuera gobernador de la provincia de Buenos Aires y colaborador de Juan Manuel de Rosas para enfrentar la agresión anglofrancesa.
Su padre fue ingeniero civil y abogado, pero dedicó gran parte de su vida a la política como integrante del partido conservador al que representó como concejal entre 1924 y 1928, llegando a ocupar de manera interina la Intendencia de Buenos Aires en 1931, luego fue diputado nacional de 1938 a 1942 y Ministro de Relaciones Exteriores de Arturo Frondizi en 1961.
Carlos Mugica por lo tanto era integrante de una familia acomodada del Barrio Norte de la ciudad de Buenos Aires, su madre siempre tuvo la esperanza que su hijo fuera sacerdote, aunque su padre prefería que se destacara como profesional universitario.
Los niños de la familia eran atendidos por niñeras, el plantel del personal de la casa se completaba con la cocinera y las amas de llaves. La disciplina para los niños era estricta y había un horario para cada actividad. Cuando el hermano menor mostró algunos signos de rebeldía fue enviado a un colegio pupilo. Su hermano mayor Bubby cursó la secundaria en el Liceo Militar.
A pesar de la holgada posición económica de su familia, Carlos Mugica hizo la primaria en el colegio público Cinco Esquinas de Libertad y Quintana, concurría a misa a la Iglesia del Socorro y también a las actividades de la Acción Católica en el Santísimo Sacramento, allí descubrió una pasión que lo acompañó toda su vida: el futbol, en general siempre se mostró interesado por los deportes al punto que llegó también a practicar boxeo, tenis y rugby.
El secundario lo comenzó en el Colegio Nacional Buenos Aires, sin embargo su desempeño no fue para nada destacado, por lo que decidieron cambiarlo de colegio luego de los dos primeros años pasando al Instituto Libre de Segunda Enseñanza donde cursó tercero y cuarto para regresar al Nacional Buenos Aires donde estuvo en 1947 y 1948 para recibirse esta vez sí con excelentes notas.
Finalizado el secundario se decidió por la carrera de abogacía, en la Facultad entabló amistad con Roberto Guevara De la Serna, a cuya casa concurría a estudiar y donde conoció a su hermano Ernesto que estudiaba Medicina y que todavía no era conocido como el Che.
Gabriel Mariotto explicó cómo Mugica descubrió el peronismo que lo deslumbró:
“El mismo 16 de septiembre de 1955 va al conventillo de La Boca, donde misionaba, y ve un graffiti que decía ‘Sin Perón no hay Patria ni Dios, abajo los cuervos’. Así lo recibían los compañeros y las compañeras del conventillo y él venía de brindar con su familia aristocrática en el corazón de Recoleta. Ese graffiti fue un golpe y pensó: ‘O yo estoy equivocado o las compañeras y compañeros del conventillo están equivocados'».
Además de su tarea pastoral en la entonces Villa del Puerto que ocupaba los terrenos linderos al ferrocarril que rodeaban el edificio de depósito del Correo, en la década del 60 Mugica era asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la Facultad de Medicina. En 1964, la JEC del Buenos Aires tomó fuerza con el ingreso de Carlos Gustavo Ramus, que llegó a ser su presidente, incorporando a Mario Eduardo Firmenich, entre otros. Años más tarde, bajo la dirección de Fernando Abal Medina, éstos fundarían la célula primigenia de la organización armada Montoneros. A su vez integraron a compañeros de lo que luego sería la promoción 1967, como el Tala Ventura y Miguel Talento, que ya en la universidad conducirían la Juventud Universitaria Peronista, rama universitaria de la Tendencia Revolucionaria de la Juventud Peronista, y la conducción de Montoneros.
Carlos Mugica en 1970.
Mugica formó a esos jóvenes en la cosmovisión de Pierre Teilhard de Chardin, en el humanismo de Jacques Maritain, y en la doctrina del compromiso con el mundo de Emmanuel Mounier, Yves Congar,9 y Michel Quoist, teólogos de cabecera de las nuevas generaciones.
Fue uno de los 270 sacerdotes que el 31 de diciembre de 1967 adhirieron al Mensaje de los 18 Obispos del Tercer Mundo, número que meses después alcanzó 400 que desde abril de 1968 decidieron llamarse Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo y conformaron un Comité organizador.
En referencia al tema de la lucha armada, en el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo —al que Mugica pertenecía— existía una gradación de posturas de los sacerdotes enrolados, desde las radicalizadas hasta las moderadas, situación que continuaría luego de la muerte de Juan Domingo Perón en 1974. A diferencia de otros sacerdotes tercermundistas como el padre Alberto Carbone, asesor nacional de la Juventud de Estudiantes Católicos, que mantenían un contacto más cercano con las llamadas «formaciones especiales», Mugica se alejó de la justificación teológica de la violencia armada.
En 1969, durante el gobierno de Juan Carlos Onganía, se decretó el estado de sitio, se clausuró la Confederación General del Trabajo de los Argentinos y se produjo el arresto de Raimundo Ongaro y Agustín Tosco, entre otros. Carlos Mugica y Reinaldo Conforti, asesor nacional de Juventud Obrera Católica, declararon en nombre del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo de Buenos Aires que se trataba de una situación de tiranía, y señalaron que el gobierno, que se decía católico, sería responsable de que un pueblo religioso y creyente se volcara por desesperanza al ateísmo y al materialismo.12 El 6 de diciembre de 1972, a instancias de Carlos Mugica, sesenta integrantes del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo fueron recibidos por Juan Domingo Perón en su residencia de Vicente López. Las respuestas de Perón, de tono generalista y ambiguo, no resultaron satisfactorias para muchos, pero el rumbo de la opción política asumida por la mayoría no se modificó.
En 1973, se publicó un libro titulado Peronismo y cristianismo, que contenía fragmentos de artículos escritos por Carlos Mugica para diversos medios gráficos durante la autodenominada Revolución argentina; en tanto que el capítulo El rol del sacerdote era el texto de una disertación pronunciada en el Instituto de Psicología Integral, como parte del ciclo Ideología y Rol Profesional, que esa institución programara en 1971. En la obra Entre dos fuegos. Vida y asesinato del padre Mugica se señala que se trata de un apócrifo realizado sin el consentimiento de Mugica.
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