José Hernández nació el 10 de noviembre de 1834, en los caseríos de Perdriel, en la Chacra de su tío, Don Juan Martín de Pueyrredón, durante el gobierno de Juan Manuel de Rosas.

Hijo de Isabel Pueyrredón y de Rafael Hernández. Su padre murió fulminado por un rayo. Tuvo dos hermanos, Rafael y Magdalena.

Comenzó a leer y escribir a los cuatro años y asistió al colegio de don Pedro Sánchez. Educado en el Liceo de San Telmo.En 1846 fue llevado por su padre al sur de la provincia de Buenos Aires, donde se familiarizó con las faenas rurales y las costumbres del gaucho. Una enfermedad de la adolescencia le obligó a vivir en las pampas, donde entró en contacto con el estilo de vida de los gauchos.

A los 19 años, ingresó en las filas del ejército y participo en la represión del levantamiento del coronel Hilario Lagos contra el gobierno de Valentín Alsina, estando bajo las órdenes de Pedro Rosas y Belgrano.

Poeta, periodista, contador, taquígrafo, soldado, comerciante, estanciero y político. Autodidacta que gracias a sus numerosas lecturas definió sus ideas políticas.

En marzo de 1857, poco después de fallecer su padre, se instaló en la ciudad de Paraná.De 1852 a 1872, defendió que las provincias no debían permanecer ligadas a las autoridades centrales, establecidas en Buenos Aires. José Hernández tomó parte en la última rebelión gaucha, la de López Jordán, que finalizó en 1871 con la derrota de los gauchos y su exilio.

En 1863, fundó el periódico El Argentino; el 12 de noviembre de ese mismo año tuvo que cubrir el asesinato del general Ángel Vicente Peñaloza. En 1874, creó el periódico Revista del Río de la Plata, en el que defendió posturas federalistas.

Fue diputado provincial y en 1880, siendo presidente de la Cámara de Diputados, defendió el proyecto de federalización, por el cual Buenos Aires pasó a ser la capital del país.

En 1881 escribió Instrucción del estanciero y fue elegido senador provincial, cargo para el cual fue reelecto hasta 1885.

José Hernández consiguió un gran eco para sus propuestas con su poesía. El gaucho Martín Fierro (1872), un poema épico popular, está considerado como una de las grandes obras de la literatura argentina. Martín Fierro narró su vida retratando la sencillez rural, la independencia y la paz de su espíritu.

El poema arranca con la felicidad de su vida familiar, hasta que es obligado a alistarse en el ejército, su rebelión y su consiguiente deserción. A su regreso, descubre que su casa ha sido destruida y su familia se ha marchado, y la desesperación le empuja a unirse a los indios y convertirse en un hombre fuera de la ley.

En la secuela del poema, La vuelta de Martín Fierro (1879), se reúne por fin con sus hijos. En el gaucho, descubrió la encarnación del coraje y la integridad inherentes a una vida independiente.

El 8 de junio de 1859, contrajo matrimonio en Paraná con Carolina González del Solar, con la que tuvo ocho hijos: Isabel Carolina, Manuel Alejandro, María Mercedes, Margarita Teresa, Juan José, María Sofía, María Teresa y Carolina.

Tanto él como su hermano Rafael, fueron miembros de la Masonería Argentina. También pertenecieron a esta algunos familiares maternos como su tío segundo, el brigadier Juan Martín de Pueyrredón.

José Hernández falleció el 21 de octubre de 1886, a causa de un ataque cardíaco, en su quinta de Belgrano, en Buenos Aires. Las últimas palabras que dijo fueron: «Buenos Aires… Buenos Aires…».

Fue sepultado en el Cementerio de la Recoleta de la ciudad de Buenos Aires.