Juan Facundo Quiroga nació en 1778, en San Antonio, departamento de Los Llanos, provincia de La Rioja.

A los veinte años, se hizo cargo de la administración y conducción de las arrias pertenecientes a su padre, el estanciero José Prudencio Quiroga.
Enrolado más tarde bajo las órdenes del Cnl Manuel Corvalán, jefe de la frontera sur de Mendoza, se puso en marcha en unión de 200 reclutas, rumbo a Buenos Aires.
Fue destinado a formar en el Regimiento de Granaderos a Caballo, que ha empezado a instruirse en el Retiro bajo las órdenes de San Martín. Juan Facundo es alistado en una compañía que manda el Cap. Juan Bautista Morón. Durante un mes recibió instrucción militar, luego el Cnl Corvalán, haciéndose cargo de un pedido paterno, consiguió que se le diera de baja y Quiroga se retiró a su provincia natal.
Se dedicó a las tareas rurales; la guerra contra los españoles en la frontera norte, exige más y más sacrificios. La maestranza de José Prudencio Quiroga trabaja a veces con más de 100 hombres para atender gratuitamente parte de esos pedidos de los generales patriotas, hombres, víveres, armas, ganado, parten para el teatro de la guerra.
En 1818 recibió del director Pueyrredón el título de “ Benemérito de la Patria” y a fines de ese año intervino destacadamente para sofocar un motín de prisioneros españoles en San Luis.
A partir de 1820, con el cargo de jefe de milicias de Los Llanos, se inició en La Rioja la preponderancia de Quiroga.
Convertido en árbitro de la situación riojana, contribuyó a colocar en el gobierno provincial a Nicolás Dávila, quien en ausencia de Quiroga intentó apoderarse de la artillería y el parque de Los Llanos. El caudillo derrotó al gobernador en el combate de El Puesto y aunque asumió la gobernación sólo por tres meses, del 28 de marzo al 28 de junio de 1823, continuó siendo, en los hechos la suprema autoridad riojana, afirmando Caillet-Bois, que con ello terminó la dominación de las familias coloniales y terminó la hegemonía de la ciudad, que pasó a manos de la campaña.
Quiroga brindó su apoyo al congreso de 1824, reunido en Buenos Aires, pero pronto se produjo una ruptura con los unitarios porteños. En esos momentos el gobierno de La Rioja se asoció con un grupo de capitalistas nacionales encabezado por Braulio Costa, a quien se otorgó la concesión para explotar las minas de plata del cerro de Famatina. Facundo, como comandante del departamento, fue también accionista de la compañía y, por el convenio, quedó encargado de asegurar la explotación, con cuyo producto se acuñaría moneda a través del Banco de Rescate y la Casa de Moneda de La Rioja.
Sin embargo, la designación de Rivadavia como presidente de la República, en 1826, alteró estos planes. El presidente, que durante su permanencia en Inglaterra había promovido la formación de una compañía minera, nacionalizó la riqueza del subsuelo y también la moneda, prohibiendo la acuñación a toda institución que no fuera el banco nacional, por él creado.
La reacción de Quiroga fue inmediata, juntó a los otros gobernadores que resistían la política centralista de Rivadavia, culminada con la sanción de la constitución unitaria, y se levantó en armas contra el presidente enarbolando su famoso lema: “Religión o Muerte”.
Vale tener presente con Atilio García Mellid que “Facundo tenía una formación cultural y moral muy apropiada a las necesidades de los tiempos. Se educó en la escuela de letras fundada por su padre y luego estudió religión, moral y sociología con el Pbro. Dr. Pedro Ignacio de Castro Barros”.
Encendida la lucha entre federales y unitarios, éstos formaron con Arenales en Salta, Lamadrid en Tucumán y Gutiérrez en Catamarca, una liga. Lamadrid con el contingente de tropas que debía ir a la guerra contra el Brasil, se alzó en Tucumán y depuso al gobernador Javier López, colocándose en su lugar, al mismo tiempo que los otros dos unitarios atacaban a Bustos (Córdoba), Quiroga e Ibarra, quien se había afirmado en Santiago del Estero.
Quiroga venció al jefe unitario en Tucumán consolidando definitivamente su prestigio, que no decaerá más hasta su muerte trágica. Lamadrid, herido y sin recurso alguno se vio obligado a exiliarse en Bolivia, desde donde, después de errar un tiempo, pidió volver a su patria, pedido que Juan Manuel de Rosas apoyó en carta privada a Quiroga. Era el primer trato entre los dos personajes y en el cual Rosas le hacía una oferta franca y sincera de amistad, suscribiéndose “su afectivo amigo”.
Caído Rivadavia, Quiroga apoyó la efímera gestión de Dorrego cuyo fusilamiento volvió a encender los enconos de la guerra civil. Facundo se convirtió entonces en figura descollante del movimiento federal y, en el interior, enfrentó a las fuerzas unitarias del Grl Paz. El Tigre de Los Llanos como lo llamaban amigos y adversarios cayó derrotado sucesivamente en la Tablada y en Oncativo. Los unitarios firmaron un pacto de unión el 30 de agosto de 1830, por el cual nueve provincias instituyeron un supremo poder militar que recayó en el Grl J. M. Paz. Los federales, a su turno, después de los pactos preliminares a 1830, firmaban el 4 de enero de 1831 un Pacto Federal por el que se constituía la Liga Litoral de tres provincias (Buenos Aires, Santa Fe y Entre Ríos) con exclusión momentánea de Corrientes, debido a algunos reparos que hiciera su gobierno en materia económica.
En febrero de 1831 se declaró la guerra entre las dos ligas, realizándose las operaciones en tres sentidos: fronteras de Santa Fe y Córdoba, región andina y Entre Ríos. A López (Santa Fe) se le nombró general en jefe del Ejército Confederado, a Quiroga se le dio la División Auxiliar de los Andes, mientras Rosas permaneció en Pavón con una poderosa reserva.
Rosas ayudó con grandes auxilios a López y Quiroga. Este último recibió una división bien montada y pertrechada. En el trayecto, tomó a Río Cuarto, dominó a Mendoza después de la batalla de Chacón y así, con su rapidez habitual anuló a los unitarios en la región andina, en Córdoba persiguió a Lamadrid -el jefe de las fuerzas unitarias después de la captura de Paz- y, ya en tierra tucumana, lo derrotó completamente en La Ciudadela. Fue entonces el ápice de su prestigio y poder.
Después de participar en la etapa preparatoria de la campaña al desierto realizada por Rosas, permaneció con su familia en Buenos Aires durante un tiempo.
A fines de 1834 un conflicto entre los gobernadores de Tucumán y Salta, Alejandro Heredia y Pablo de la Torre, respectivamente, decidió al gobernador de Buenos Aires, Manuel Vicente Maza a ofrecer su mediación amistosa. Quiroga, a la sazón en la ciudad porteña a pedido del gobernador y del propio Rosas, aceptó interponer sus buenos oficios ante las partes en pugna. El 16 de diciembre el gobernador firmaba el decreto nombrándolo “Representante de Buenos Aires para transigir las desavenencias que desgraciadamente tienen lugar entre los gobernadores de Tucumán y Salta”. El mismo día era nombrado secretario, el coronel mayor don José Santos Ortiz. Reunidos Maza, Rosas, Quiroga y Antonino Reyes se dieron las instrucciones que Quiroga debía observar en cumplimiento de su misión; se determinó que el comisionado exigiría una suspensión de las hostilidades durante la cual el gobierno de Buenos Aires solicitaría a los firmantes del pacto federal de 1831 se pronunciasen contra la guerra entre Tucumán y Salta. Otro de los temas tratados en la reunión, fue lo concerniente a la organización nacional. Las instrucciones muestran hasta qué punto Quiroga había cedido en sus pretensiones constitucionales. El artículo 8º decía: “que al presente es en vano clamar por Congreso y Constitución bajo el sistema federal, mientras cada estado no se arregle interiormente y no dé bajo un orden estable y permanente pruebas prácticas y positivas de su aptitud para formar federación con los demás”.
Al aceptar estas instrucciones, Quiroga demostraba su acuerdo con Rosas en lo que se refería a la inoportunidad de organizar el país.
Con su salud deteriorada por un reumatismo deformante, Quiroga partió de Buenos Aires el 19 de diciembre. Acompañado por Rosas hasta San Antonio de Areco, acordaron que Rosas  le haría llegar una carta, en la que éste expondría sus ideas en torno el problema constitucional. Mostrado a los gobernadores con quienes el enviado debía encontrarse, evidenciaría la identidad de pensamiento entre Quiroga y Rosas. En rápidas jornadas llegó el 29 de diciembre a Pitimbalá, donde se enteró que el pleito entre Heredia y Latorre había terminado con el asesinato de éste. En Santiago del Estero, a donde llegó el 6 de enero de 1835, conferenció con Felipe Ibarra, Alejandro Heredia, Juan Antonio Moldes, ministro de Salta, firmándose a sus instancias un tratado, de paz y alianza entre las provincias del norte, el 6 de febrero de 1835.
Enfermo, devorado por la fiebre emprende el regreso, en medio de múltiples avisos que le advertían sobre los hermanos Reynafé (uno de los cuales el Cnl José Vicente, era gobernador de Córdoba) los que planeaban su asesinato. Facundo desdeñó esas prevenciones y rechazó la escolta que le ofreció el gobernador de Santiago del Estero, Ibarra.
El secretario Santos Ortiz intuye la tragedia irremediable pero apenas se atreve a insinuar el consejo de un cambio de ruta, Quiroga le impone silencio con cortante frase: “Bastará un grito mío para que esa partida se ponga a mis órdenes”.
Al pernoctar en Ojo de Agua el mismo maestro de postas se encargó se suministrarle datos concretos. Santos Pérez los aguarda en Barranca Yaco con treinta hombres armados, con la orden de matarlos a todos. Quiroga se limita a mandar a su asistente que limpie algunas armas de fuego que llevan en la galera.
Siguió la marcha y un poco más adelante en la curva de Barranca Yaco, una partida al mando del capitán Santos Pérez, de las milicias de Reynafé, consuma el asesinato del general y de todos sus acompañantes, quienes caen heridos por las balas, los sablazos y el degüello, salvo el correo Marín y un asistente que pudieron huir milagrosamente. Para simular un atraco de bandidos, saquean la diligencia.
Era el 16 de febrero de 1835 y la Confederación Argentina se conmueve como años atrás con el fusilamiento de Dorrego. Rosas gobernador de Buenos Aires, resuelto a no dejar impune el crimen de Barranca Yaco, se abocó al conocimiento de la causa criminal seguida contra los asesinos, haciendo que todos los inculpados fueran conducidos a Buenos Aires. Así es como llegan a la ciudad el gobernador de Córdoba, José Antonio Reynafé, con dos de sus hermanos y el capitán Santos Pérez con los demás soldados de la partida.
En cuanto al proceso criminal en sí, las provincias delegan en Rosas por ser el  encargado de las Relaciones Exteriores de la Confederación, quien a su vez, designó a Manuel Vicente Maza juez comisionado. Finalmente condenados a ser fusilados, la ejecución se cumple el 26 de octubre de 1837.

Con Juan Facundo Quiroga, bien sentenció Vicente D Sierra, desaparecería “el arquetipo por excelencia del caudillo argentino”.