Afiliado a la Unión Cívica Radical (UCR), en 1936 fue electo senador provincial y en 1940 vicegobernador de la provincia de Córdoba. El golpe del 4 de junio de 1943, que derrocó a las autoridades nacionales, produjo también su cese como vicegobernador. Fue electo diputado nacional para el período 1948-1952. En marzo de 1962, como candidato de la UCR, ganó las elecciones a gobernador de la provincia, pero no pudo asumir el cargo por las presiones militares que obligaron al presidente Arturo Frondizi a anular las elecciones, en el marco de un proceso que concluyó con el golpe de estado que determinó su derrocamiento.
Llegó a la primera magistratura tras haberse impuesto con el 21,15% de los votos la fórmula de la UCR del Pueblo (que compartía con el entrerriano Carlos Perette) en los comicios del 7 de julio de 1963. El segundo lugar en las elecciones había sido logrado por los votos en blanco, con un 19,72% de los sufragios, que eran expresión de la resistencia del peronismo proscripto. Luego seguían la UCRI de Oscar Alende, con el 16,40%; la UDELPA, que respondía al ex presidente de facto Pedro Eugenio Aramburu, con el 7,49%; y cuarenta y cinco partidos más.
El gobierno de Illia nació con una debilidad intrínseca: la abstención del peronismo constituía un serio escollo por el hecho de que los sindicatos se adherían a esa tendencia política. Otro elemento de debilidad era la falta de mayoría propia en la Cámara de Diputados. Por último, debía manejarse con un ejército cuyos jefes venían de derrocar al presidente Frondizi, de manipular a su sucesor José María Guido con el objetivo de proscribir al peronismo y de dividirse en dos líneas que llegaron al enfrentamiento armado entre septiembre de 1962 y abril del año siguiente.
El peronismo había organizado un frente que proponía como candidato a Vicente Solano Lima, pero había sido prohibido por el ministro del Interior, el general Osiris Villegas. Siete días antes de las elecciones Raúl Matera, dirigente peronista y médico de prestigio, fue encumbrado como candidato de la democracia cristiana, hecho que motivó su veto por parte del gobierno, que argumentó la violación del Estatuto de los partidos políticos. De inmediato, las ramas política y sindical del justicialismo propusieron el voto en blanco, y acusaron al radicalismo de manipular las normas en su favor, ya que el mencionado estatuto, que prohibía la existencia de partidos de corte peronista o comunista, había sido redactado por Carlos Adrogué, ministro del Interior de Guido y hombre de la UCR.
El gabinete de Illia se integró con Juan Palmero en la cartera de Interior, Miguel Zavala Ortiz en Relaciones Exteriores, Leopoldo Suárez en Defensa, Eugenio Blanco y luego Juan Carlos Pugliese en Economía, Carlos Alconada Aramburú en Educación y Justicia, Miguel Ferrando en Obras y Servicios Públicos, Arturo Oñativia en Asistencia Social y Salud Pública, y Fernando Solá en Trabajo y Seguridad Social.
Pero además, el gobierno radical nacía de un partido que Arturo Umberto Illia no dominaba totalmente. El presidente representaba a la llamada «Línea Córdoba», tendencia provincial que gozaba de una independencia notoria en el ámbito nacional. Su candidatura fue un compromiso entre los diversos sectores del radicalismo, que en realidad manifestaban sus recelos ante la conducción nacional encarada por Ricardo Balbín, que ya había sido candidato cinco años antes y había resultado perdedor.
Una de las primeras medidas del gobierno de Illia fue la de anular los contratos petroleros celebrados durante la presidencia de Arturo Frondizi, los que, a juicio del radicalismo, ponían en serio riesgo la soberanía nacional. El decreto respectivo fue luego enviado a la Cámara de Diputados, la cual formó una comisión con el objetivo de investigar la validez de dichos contratos. Al cabo de intensas deliberaciones que se prolongaron por un año, la cámara ratificó lo resuelto por el Poder Ejecutivo y acusó al ex presidente Frondizi y a su ministro Frigerio de «ser los responsables de las transgresiones morales, de las violaciones jurídicas y de los perjuicios económicos ocasionados».
El conflicto larvado con el peronismo tuvo su primera manifestación en un «Plan de lucha» propuesto por la Confederación General del Trabajo (CGT) en enero de 1964, que consistía en jornadas de agitación progresiva hasta llegar a la toma de los establecimientos productivos y concluir en veinticuatro horas de ocupación simultánea en todo el país. El primer paso de la CGT fue conseguir el apoyo de la oposición. Las ocupaciones de plantas comenzaron en los últimos días del mes de mayo y se prolongaron hasta julio. Diversos dirigentes sindicales fueron procesados por violar la propiedad privada, pero la movilización sindical continuó.
En los primeros días de 1964 se presentó en el congreso un proyecto de ley de medicamentos que regulaba aspectos de su producción y comercialización, con el objetivo de evitar los excesos que cometían los laboratorios, sobre todo los extranjeros. La sanción de esta ley fue vista por muchos analistas políticos como la causa que llevó al derrocamiento del presidente Illia.
Durante su gobierno se produjeron los primeros movimientos guerrilleros, sobre todo en el norte del país. Se desactivaron células guerrilleras en las provincias de Salta, Jujuy, Formosa, Buenos Aires y otras, mientras aparecían en los diarios declaraciones en repudio del comunismo, el castrismo o el peronismo de izquierda. El general Juan Carlos Onganía, comandante en jefe del ejército, declaraba su profunda convicción anticomunista, y apareció hacia mediados de 1965 el concepto de frontera ideológica, mediante el cual se promovían asociaciones militares de países anticomunistas para «combatir la amenaza del comunismo».
El 3 de octubre de 1965 llegó en visita a la Argentina el presidente de Francia, Charles De Gaulle. Previamente se habían producido agitaciones en ámbitos universitarios y políticos que trataban de ligar la figura del francés con la de Juan Domingo Perón. Durante el acto público en el que habló De Gaulle se escucharon consignas peronistas en el sentido antes mencionado; lo mismo sucedió en Córdoba, donde hubo disparos y represión policial.
Desde Madrid, el ex presidente Juan Domingo Perón amenazaba con volver al país, y en Buenos Aires sus partidarios aseguraban que lo haría durante 1964. Se formó entonces una comisión pro retorno liderada por el dirigente de la Unión Obrera Metalúrgica, Augusto T. Vandor. El ex presidente intentó viajar a Buenos Aires, pero cuando el avión hizo escala en Río de Janeiro no le fue permitido permanecer en Brasil ni proseguir el viaje, por lo cual debió regresar a Madrid. La cancillería argentina se había movido con rapidez y había pedido al gobierno brasileño la reexpedición del avión.
El 14 de marzo de 1965 se realizaron elecciones para renovar parcialmente la Cámara de Diputados con la intervención del peronismo, que actuaba bajo la denominación de Unión Popular. La compulsa fue ganada por esta agrupación por 50.000 votos sobre el partido oficial, mientras la agrupación que respondía al ex presidente Frondizi quedó relegada al tercer lugar. De todos modos, el gobierno logró mantener la primera minoría en diputados y, lo que era a la postre más importante para el sistema, incorporó a una parte del peronismo a las reglas de convivencia democráticas.
Otro problema, esta vez en el ámbito externo, fue provocado por un golpe de estado en la República Dominicana que concluyó con una intervención de los Estados Unidos, que solicitó a los países miembros de la Organización de Estados Americanos (OEA) que convalidaran la medida y enviaran a su vez tropas. Fue una brasa caliente en manos del canciller argentino conciliar la posición no intervencionista que pretendía la opinión pública con los compromisos asumidos con la OEA. La Cámara de Diputados exigía que una decisión como la del envío de tropas pasase por sus manos. El gobierno dilató toda decisión, lo que contribuyó a fortalecer la propaganda antigubernamental que acusaba al gobierno de lentitud en la resolución de cuestiones importantes.
Hacia mediados de 1965 comenzaron a correr rumores de golpe militar. Hubo un forcejeo entre el comandante en jefe del ejército, Juan Carlos Onganía, y el secretario de guerra Avalos, que concluyó con la renuncia del segundo, en una demostración del poder que concentraba el primero. Sin embargo, Onganía pidió su retiro en noviembre de 1965, en un gesto que parecía demostrar pérdida de poder pero que apuntaba, en realidad, a preservar su figura.
Al iniciarse 1966 arreciaron los conflictos gremiales con paros, movilizaciones y ocupaciones de plantas, a los que en mayo se agregaron disturbios estudiantiles que exigían aumento del presupuesto educativo. El 29 de mayo, día del ejército, el comandante en jefe, general Pistarini, afirmó ante la presencia del presidente Illia que las indecisiones del gobierno estaban alentando la persistencia del peronismo. Fue ésta la primera manifestación pública de desagrado por parte de los militares. Mientras tanto, diversos medios periodísticos hablaban abiertamente del golpe en gestión, y daban diferentes versiones acerca de sus conductores y participantes.
El 28 de junio se produjo el golpe preparado; las fuerzas armadas actuaron en conjunto y sin desinteligencias entre sus componentes. Arturo Umberto Illia no tenía ningún respaldo entre los militares, y fue desalojado de la casa de gobierno por una compañía de lanzagases. Asumió inmediatamente la presidencia el general Juan Carlos Onganía.
El gobierno del presidente Illia cayó por sus debilidades de nacimiento, en particular por el escaso apoyo electoral, a lo que se sumó la gigantesca concertación entre las fuerzas armadas y ciertos sectores del periodismo en complicidad con una parte importante del sindicalismo peronista. Estos sectores postulaban que la lentitud e irresolución del poder ejecutivo constituían un obstáculo en la carrera hacia la modernización de la sociedad. En lo económico, el gobierno de Illia aprovechó el impulso de la salida de la crisis económica de 1962-63 y, con medidas acertadas, logró una reactivación. El producto interior bruto y el industrial crecieron, la balanza comercial obtuvo saldos favorables y la inflación se redujo.
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